Les sous-préfets peuvent être placés hors cadre, dans la limite des emplois inscrits au budget à cet effet, pour accomplir les missions qui leur sont confiées auprès des pouvoirs publics.

Les sous-préfets titulaires sont appelés à accomplir une période de mobilité de deux ans en exerçant des fonctions différentes de celles normalement dévolues aux membres du corps préfectoral dans un des services ou organismes énumérés à l'article 1-1 du décret n° 2008-15 du 4 janvier 2008.

Outre les cas de mise en disponibilité prévus par le statut général des fonctionnaires, les sous-préfets peuvent être mis en disponibilité dans l'intérêt du service ; cette disponibilité ne peut excéder cinq années. Ils conservent dans cette position le bénéfice de leurs droits à pension et perçoivent en outre un traitement égal au moins au montant des retenues pour pension qu'ils doivent acquitter et au plus à la moitié de leur traitement d'activité.

En application de l'article 10 de la loi n° 84-16 du 11 janvier 1984 modifiée portant dispositions statutaires relatives à la fonction publique de l'Etat, les dispositions suivantes ne sont pas applicables aux sous-préfets :

a) Loi n° 83-634 du 13 juillet 1983 portant droits et obligations des fonctionnaires : articles 8, 9, 10, 17 (1er alinéa), 18 (2e alinéa), 19 (2e et 3e alinéa), 21 (dernier alinéa) et les textes pris pour leur application ;

b) Loi n° 84-16 du 11 janvier 1984 modifiée portant dispositions statutaires relatives à la fonction publique de l'Etat : articles 14, 17, 26, 34 (7°), 37 à 40 bis, 55, la deuxième phrase de l'article 57, les articles 59 à 63, 67, 70 et les textes pris pour leur application ;

c) Ordonnance n° 82-297 du 31 mars 1982 portant modification de certaines dispositions du code des pensions civiles et militaires de retraite et relative à la cessation d'activité des fonctionnaires et des agents de l'Etat et des établissements publics de l'Etat à caractère administratif ;

d) Décret n° 85-986 du 16 septembre 1985 modifié relatif au régime particulier de certaines positions des fonctionnaires de l'Etat et à certaines modalités de cessation définitive de fonctions : articles 11, 14 (11°), 20, 22 (3e, 4e, 5e et 6e alinéa), 23, 27 (sauf 1er alinéa), 28 et 29, le dernier alinéa de l'article 40, les articles 49 (sauf 4e alinéa), 50, 57, 57 bis (IV, sauf la première phrase) et 61.

Le pouvoir disciplinaire à l'égard des sous-préfets appartient à l'autorité investie du pouvoir de nomination ; toutefois l'avertissement et le blâme leur sont infligés par le ministre de l'intérieur.

Il est fait application dans tous les cas, de l'article 65 de la loi du 22 avril 1905.