Le contrat de projet ou d'opération de recherche prévu par l'article L. 431-4 peut être conclu dans les cas suivants ;
1° Projet ou opération de recherche ou de développement sélectionné dans le cadre d'appels à projets nationaux, européens et internationaux ;
2° Projet ou opération de recherche ou de développement retenu dans le cadre des grands programmes d'investissement de l'Etat ;
3° Projet ou opération de recherche technologique, fondamentale ou appliquée, s'inscrivant dans le cadre du contrat d'objectifs de l'établissement ou bénéficiant d'une convention de subvention signée avec l'Etat ;
4° Projet ou opération d'étude ou d'expertise mené en collaboration avec des entreprises de recherche et développement ou des bailleurs de fonds publics ou privés.
Le contrat ne peut être conclu que pour un projet ou une opération de recherche d'une durée prévisible minimale de dix-huit mois.

Les établissements publics de recherche à caractère industriel et commercial mentionnés au titre III du livre III peuvent avoir recours au contrat de projet ou au contrat d'opération de recherche régi par la présente section.
Peuvent également avoir recours à ces contrats les fondations reconnues d'utilité publique ayant pour activité principale la recherche publique suivantes :
1° Institut Curie ;
2° Institut Pasteur ;
3° Institut Pasteur de Lille ;
4° Fondation Jean Dausset - Centre d'étude du polymorphisme humain.

Le contrat de projet ou d'opération de recherche peut être conclu pour tout emploi concourant directement au projet ou à l'opération de recherche.
Sauf en cas de circonstances exceptionnelles, les offres d'emploi sont diffusées au moins un mois avant la date limite de dépôt des candidatures.
L'examen des candidatures peut être confié à une commission ou un jury de recrutement désigné par l'employeur.

La proportion maximale des salariés pouvant être titulaires d'un contrat de projet ou d'opération de recherche est fixée à 10 % de l'effectif global de l'établissement ou de la fondation, tel qu'établi au 31 décembre de l'année civile précédente. Les modalités de calcul des effectifs sont celles prévues aux articles L. 1111-2 et L. 1111-3 du code du travail.

Le contrat de projet ou d'opération de recherche est établi par écrit. Il mentionne l'article L. 431-4.
Il comporte notamment les clauses suivantes ;
1° La description du projet ou de l'opération de recherche et la catégorie mentionnée à l'article R. 431-15 dans laquelle ce projet ou cette opération s'insère ;
2° La définition des missions, des tâches à accomplir et des résultats à atteindre pour lesquels le contrat est conclu ;
3° Une description précise de l'événement ou du résultat objectif déterminant la fin de la relation contractuelle ainsi que les modalités d'évaluation et de contrôle de ce résultat ;
4° L'indication du poste occupé ainsi que la classification retenue ;
5° La rémunération fixée conformément à l'article R. 431-20 et ses contreparties ;
6° La possibilité de rompre le contrat lorsque le projet ou l'opération pour lequel ce contrat a été conclu ne peut pas se réaliser ou se termine de manière anticipée et lorsque l'employeur le justifie sur la base d'éléments concrets, conformément au premier alinéa de l'article R. 431-23 ;
7° Les modalités de versement d'une indemnité de licenciement majorée ;
8° Les règles applicables en matière de confidentialité, de propriété intellectuelle et de déontologie ;
9° Les droits à la formation.

La rémunération, au sens de l'article L. 3221-3 du code du travail, perçue par le salarié est au moins égale à la rémunération minimale applicable au salarié en vertu des dispositions salariales en vigueur dans l'établissement, majorée de 5 %.

Durant la dernière année du contrat et au plus tard deux mois avant la fin de celui-ci, l'employeur propose au salarié une formation en vue de l'aider à rechercher un nouvel emploi. A ce titre, le salarié bénéficie, à sa demande, d'un bilan d'activité et d'un entretien avec l'employeur.
Pendant une durée de six mois à compter de la date de rupture de son contrat, l'employeur informe le salarié de tout emploi devenu disponible au sein de l'établissement ou de la fondation concerné compatible avec ses compétences.

Lorsque la rupture intervient à la fin du projet ou une fois l'opération réalisée, l'employeur informe le salarié de la survenance de la fin du projet ou de l'opération de recherche pour lequel le contrat a été conclu.
L'indemnité de licenciement due à la rupture du contrat de travail une fois que l'objectif pour lequel il a été conclu est atteint est au moins égale à l'indemnité légale ou conventionnelle et ne peut être inférieure à l'indemnité prévue à l'article L. 1234-9 du code du travail.

A compter du douzième mois, lorsque le projet ou l'opération de recherche pour lequel le contrat a été conclu ne peut pas se réaliser ou se termine de manière anticipée, l'employeur justifie de l'impossibilité de poursuivre la relation de travail sur la base d'éléments factuels précis. La rupture anticipée du contrat de projet ou d'opération de recherche est alors soumise aux dispositions des articles L. 1232-2 à L. 1232-6 ainsi qu'à celles du chapitre IV, de la section 1 du chapitre V et du chapitre VIII du titre III du livre II de la première partie du code du travail.
L'indemnité versée en application des dispositions mentionnées au premier alinéa est majorée d'un montant égal à 10 % de la rémunération brute totale perçue à la date de rupture anticipée du contrat, dans la limite de 100 % de la rémunération brute totale annuelle prévue par le contrat.

En application de l'article L. 2312-8 du code du travail, l'employeur qui envisage de recourir au contrat de projet ou d'opération de recherche informe le comité social et économique, notamment sur le nombre de contrats de projet ou de contrats d'opération de recherche prévus.
Chaque année, à l'occasion de la consultation sur la politique sociale, les conditions de travail et l'emploi, l'employeur présente au comité social et économique un bilan de la mise en œuvre des contrats. L'employeur informe les représentants du personnel sur le nombre de contrats conclus, les activités concernées et les caractéristiques des projets ou des opérations de recherche et leur durée estimée.