L'ordre du jour des réunions de l'assemblée plénière, de la commission permanente et de suivi des recommandations et des deux commissions spécialisées est fixé par leurs présidents respectifs, dans le cadre du programme de travail de la Conférence nationale de santé.
Le président de chaque formation est tenu d'y inscrire les questions demandées par au moins un tiers de ses membres ou par le ministre chargé de la santé ou par le ministre chargé des affaires sociales.
Les dispositions de l'article R. 133-6 du code des relations entre le public et l'administration sont applicables à l'assemblée plénière, la commission permanente et de suivi des recommandations, les commissions spécialisées et les groupes de travail.