La commission locale de l'eau élabore son règlement intérieur afin de définir ses règles de fonctionnement.
Elle se réunit au moins une fois par an.
Le président fixe les dates et les ordres du jour des séances de la commission, qui sont envoyés quinze jours avant la réunion.
Les délibérations de la commission locale de l'eau peuvent être adoptées par visioconférence ou par l'échange des écrits dans les conditions prévues par l'ordonnance n° 2014-1329 du 6 novembre 2014 relative aux délibérations à distance des instances administratives à caractère collégial et le décret n° 2014-1627 du 26 décembre 2014 relatif aux modalités d'organisation des délibérations à distance des instances administratives à caractère collégial. Les membres prenant part aux débats au moyen d'une visioconférence sont considérés comme des membres présents.
Les délibérations de la commission sont prises à la majorité des voix des membres présents ou représentés, la voix du président étant prépondérante en cas de partage égal des voix.
Toutefois, la commission ne peut valablement délibérer sur ses règles de fonctionnement ainsi que sur l'adoption, la modification et la révision du schéma d'aménagement et de gestion des eaux que si les deux tiers de ses membres sont présents ou représentés. Si ce quorum n'est pas atteint après une seconde convocation, la commission peut valablement délibérer quel que soit le nombre des membres présents ou représentés.
Les délibérations mentionnées à l'alinéa précédent doivent être adoptées à la majorité des deux tiers des membres présents ou représentés.
La commission locale de l'eau auditionne des experts en tant que de besoin ou à la demande de cinq au moins des membres de la commission.
En cas d'absence répétée d'un membre, le président de la commission locale de l'eau peut saisir l'instance ou l'organisme ayant proposé ce membre et lui demander de proposer un nouveau représentant dans un délai de trois mois. Si aucune proposition n'est faite, ou si le membre a été nommé après avoir été sollicité par le préfet, celui-ci désigne un nouveau membre. Le règlement intérieur définit le nombre d'absences susceptibles de constituer une absence répétée.