Le pouvoir disciplinaire est exercé par le garde des sceaux, ministre de la justice.
Le premier président de la cour d'appel dans le ressort de laquelle le tribunal mixte de commerce a son siège, assisté du président du tribunal mixte de commerce, procède à l'audition du greffier. A l'issue de cette audition, le ministre de la justice peut être saisi par le premier président ou le procureur général.
Lorsque les fonctions de greffier ont été confiées à une société, celle-ci ne peut faire l'objet de poursuites disciplinaires que si de telles poursuites sont engagées contre un ou plusieurs associés.
Conformément au II de l'article 3 du décret n° 2024-736 du 6 juillet 2024, les dispositions de la section 2 du chapitre III du titre V du livre V du code de l'organisation judiciaire créées par l'article 1er du décret précité tel que modifié par le décret n° 2024-1073 du 28 novembre 2024 entrent en vigueur le 1er décembre 2024.