Les fonctionnaires titulaires et stagiaires autorisés à travailler à temps partiel ont droit aux congés auxquels peuvent prétendre les fonctionnaires accomplissant un service à temps plein. La durée des congés annuels des intéressés est fixée par arrêté du haut-commissaire de la République en Polynésie française.

Les fonctionnaires titulaires ou stagiaires qui bénéficient d'un congé de maladie mentionné aux 2°, 3° ou 4° de l'article 54 de l'ordonnance du 4 janvier 2005 susvisée, pendant une période au cours de laquelle ils ont été autorisés à assurer un service à temps partiel, perçoivent une fraction du traitement auquel ils auraient droit, dans cette situation, s'ils travaillaient à temps plein. Cette fraction correspond à celle retenue pour déterminer le service à temps partiel considéré sous réserve des frais de déplacement. A l'issue de la période de travail à temps partiel, les intéressés qui demeurent en congé de maladie recouvrent les droits des agents exerçant leurs fonctions à temps plein.

L'autorisation d'accomplir un service à temps partiel est suspendue pendant la durée du congé de maternité, du congé pour adoption et du congé de paternité et d'accueil de l'enfant. Les bénéficiaires de tels congés sont, en conséquence, rétablis, pour la durée de ces congés, dans les droits des agents exerçant leurs fonctions à temps plein.