Le directeur général de la caisse est nommé, pour une durée de trois ans renouvelable, par arrêté conjoint du ministre chargé du logement, du ministre chargé de l'économie et du ministre chargé du budget, après avis du président du conseil d'administration.
Les fonctions de directeur général sont incompatibles avec celles de membre du conseil d'administration et du comité d'audit.
Le directeur général ne peut prendre ou conserver aucun intérêt, occuper aucune fonction ni dans les organismes d'habitations à loyer modéré et les sociétés d'économie mixte ni dans les organismes agréés en application de l'article L. 365-2, ni dans les associations ou organismes, quel qu'en soit le statut, exerçant une activité de construction ou de gestion de logements locatifs sociaux, ni dans l'union, les fédérations et associations mentionnées à l'article L. 452-1.
En cas de vacance du poste de direction générale, l'intérim de l'établissement sera assuré par le second dirigeant effectif nommé conformément aux dispositions de l'article L. 511-13 du code monétaire et financier, jusqu'à la désignation d'un nouveau titulaire des fonctions.