L'agrément est accordé pour un territoire constitué d'un ensemble de divisions administratives et dont les limites tiennent compte, le cas échéant, de considérations biogéographiques. La zone de compétence d'un conservatoire botanique national est la partie terrestre du territoire d'agrément, comprenant le littoral jusqu'à la zone d'estran incluse. Un seul conservatoire botanique est agréé pour un territoire donné.

Au-delà de son territoire d'agrément, un conservatoire botanique national peut assurer la coordination d'actions à l'échelle d'une région administrative ou d'un territoire présentant des caractéristiques biologiques et géographiques communes, tel qu'une aire biogéographique, un massif montagneux ou un bassin hydrographique. Dans le cadre de la coordination technique des conservatoires botaniques nationaux confiée à l'Office français de la biodiversité, il peut se voir confier la coordination nationale de certaines actions. Il peut aussi mener des actions de coopération internationale dans la mesure où elles contribuent à l'accomplissement des missions d'intérêt général énumérées à l'article R. 416-1.