Le fonctionnement de chaque fonds régional d'aménagement foncier et urbain est assuré par un comité de gestion et d'engagement et un comité permanent.
Le comité de gestion et d'engagement est composé de trois représentants de l'Etat, de trois conseillers départementaux désignés par le conseil départemental, de trois conseillers régionaux désignés par le conseil régional et de deux représentants désignés par l'Association des maires. Il est présidé alternativement et par période d'un an par le président du conseil départemental puis par le président du conseil régional. Il arrête son règlement intérieur dans lequel sont fixées les modalités d'instruction des demandes d'aide. Il se réunit au moins une fois par an. Dans le cadre de modalités d'intervention définies contractuellement entre les contributeurs, le comité de gestion et d'engagement :
-détermine les orientations générales du fonds. Il s'appuie pour ce faire, d'une part, sur les objectifs des schémas d'aménagement régional prévus à l'article L. 4433-7 du code général des collectivités territoriales, des contrats établis par le décret n° 83-32 du 21 janvier 1983 relatif aux contrats de plan entre l'Etat et les collectivités territoriales ou des personnes morales autres que les entreprises publiques et privées et des contrats établis dans le cadre de la programmation des aides européennes et, d'autre part, sur les programmes départementaux et locaux de l'habitat lorsqu'ils existent ;
-arrête une programmation financière et physique prévisionnelle pour trois ans des projets éligibles aux aides accordées par le fonds régional d'aménagement foncier et urbain ;
-statue sur les demandes d'aide.
Les représentants qui, en cours de mandat, n'occupent plus les fonctions en raison desquelles ils ont été désignés sont réputés démissionnaires.
Le comité permanent est composé de deux représentants de l'Etat, de deux représentants du conseil départemental et de deux représentants du conseil régional. Le comité permanent peut s'associer en tant que de besoin les représentants d'autres institutions ou organismes qu'il estime utiles à l'exercice de ses missions. Son secrétariat est assuré par la direction départementale de l'équipement.
Le comité permanent peut être chargé par délégation du comité de gestion et d'engagement de statuer sur chaque demande d'aide. En cas de désaccord entre ses membres, il demande au comité de gestion et d'engagement de statuer en dernier ressort. Le comité permanent instruit les demandes d'aides dans le cadre des documents établis par le comité de gestion et d'engagement. Il exécute les autres missions qui peuvent lui être confiées par le comité de gestion et d'engagement.
Le comité permanent est chargé de soumettre au comité de gestion et d'engagement, au plus tard le 1er mars de chaque année après consultation des représentants des maîtres d'ouvrage sociaux, le bilan de l'intervention du fonds régional d'aménagement foncier et urbain de l'année précédente. Ce bilan porte notamment sur le fonctionnement et les règles d'intervention du fonds. Il propose, le cas échéant, au comité de gestion et d'engagement des modifications des modalités d'intervention du fonds.