Le tribunal de l'application des peines est doté d'un greffe.
Les fonctions de secrétaire et de greffier de la juridiction sont remplies par un ou plusieurs greffiers des tribunaux judiciaires du ressort de la cour d'appel où siège le tribunal de l'application des peines, qui peuvent également exercer leurs fonctions auprès des juges de l'application des peines.
Conformément à l’article 9 du décret n° 2019-966 du 18 septembre 2019, les présentes dispositions entrent en vigueur le 1er janvier 2020.