La commission assure l'instruction des dossiers. Elle vérifie que le postulant remplit les conditions requises et procède à l'audition des candidats à l'inscription ou à la réinscription. La commission arrête la liste des commissaires enquêteurs choisis, en fonction notamment de leur compétence et de leur expérience, parmi les personnes qui manifestent un sens de l'intérêt général, un intérêt pour les préoccupations d'environnement, et témoignent de la capacité d'accomplir leur mission avec objectivité, impartialité et diligence.

Nul ne peut être maintenu sur la liste d'aptitude plus de quatre ans sans présenter une nouvelle demande.

Dès son inscription sur une liste d'aptitude et pendant tout le temps de son maintien sur celle-ci, le commissaire enquêteur est tenu de suivre les formations organisées en vue de l'accomplissement de ses missions.

Il est procédé à une révision annuelle de la liste pour s'assurer notamment que les commissaires enquêteurs inscrits remplissent toujours les conditions requises pour exercer leur mission.

La radiation d'un commissaire enquêteur peut, toutefois, être prononcée à tout moment, par décision motivée de la commission, en cas de manquement à ses obligations. La commission doit, au préalable, informer l'intéressé des griefs qui lui sont faits et le mettre à même de présenter ses observations.