La conférence est présidée par un délégué à la coopération régionale dans la zone Antilles-Guyane, nommé par décret. Elle est composée des membres des comités de gestion des fonds de coopération régionale de la Guadeloupe, de la Guyane et de la Martinique, ainsi que des représentants des conseils territoriaux de Saint-Barthélemy et de Saint-Martin, désignés respectivement par les présidents de chacun des conseils territoriaux.
Celle-ci peut entendre toute personne dont l'audition est jugée utile par le président.