L'office, dont les statuts sont adoptés par l'Assemblée de Corse, est administré par un conseil d'administration présidé par un conseiller exécutif désigné par le président du conseil exécutif. Son conseil d'administration est composé à titre majoritaire de représentants élus de l'Assemblée de Corse. Il est en outre composé de membres représentants d'autres collectivités territoriales et des établissements publics de coopération intercommunale à fiscalité propre.

Les statuts peuvent prévoir la participation d'autres personnes aux réunions du conseil d'administration.

Les statuts fixent notamment le nombre et les modalités de désignation des membres du conseil d'administration.

Les actes et délibérations de l'établissement public sont soumis au contrôle de légalité prévu par les articles L. 2131-1 à L. 2131-11 du présent code.

Le directeur général, nommé sur proposition du président de l'établissement par arrêté délibéré en conseil exécutif, est chargé de l'administration de l'établissement.