Dans chaque bassin, le préfet de la région où le comité de bassin a son siège anime et coordonne la politique de l'Etat en matière de police et de gestion des ressources en eau afin de réaliser l'unité et la cohérence des actions déconcentrées de l'Etat en ce domaine dans les régions et départements concernés. En outre, il anime et coordonne la politique de l'Etat en matière d'évaluation et de gestion des risques d'inondation objet du chapitre VI du titre VI du livre V.
Les décrets prévus à l'article L. 211-2 précisent les conditions d'intervention du préfet coordonnateur de bassin, notamment en ce qui concerne la gestion des situations de crises, ainsi que les moyens de toute nature nécessaires à l'exercice des missions qui lui sont confiées par les chapitres Ier à VII du présent titre.