Le préfet de région et, en Corse, le préfet de Corse préside le comité régional. Il a voix prépondérante en cas de partage.

Le président convoque les membres du comité et fixe l'ordre du jour sur proposition du directeur régional. Il peut demander l'audition de toute personne, service ou organisme, utile à ses travaux.

Le secrétariat du comité est assuré par la direction régionale de la jeunesse, des sports et de la cohésion sociale.