Le Haut Conseil des biotechnologies est composé d'un comité scientifique et d'un comité économique, éthique et social.

Le président du haut conseil et les présidents des comités, ainsi que les membres des comités, sont nommés par décret. La nomination du président du haut conseil intervient après avis des commissions du Parlement compétentes en matière d'agriculture et d'environnement. Le président est un scientifique choisi en fonction de ses compétences et de la qualité de ses publications. Il est membre de droit des deux comités.

En cas d'utilisation confinée d'organismes génétiquement modifiés, le président du haut conseil transmet l'avis du comité scientifique à l'autorité administrative.

En cas de dissémination volontaire d'organismes génétiquement modifiés, le président du haut conseil transmet l'avis du comité scientifique au comité économique, éthique et social. Après examen de l'avis du comité scientifique, le comité économique, éthique et social élabore des recommandations et peut, à cet effet, convoquer le président du comité scientifique et un membre de ce comité.L'avis du Haut Conseil des biotechnologies, qui est composé de l'avis du comité scientifique et des recommandations du comité économique, éthique et social, est remis à l'autorité administrative par son président. Cet avis comporte, outre une évaluation des risques, une évaluation des bénéfices. Il fait état des positions divergentes exprimées.

Le Haut Conseil des biotechnologies se réunit en séance plénière à la demande de son président ou de la moitié de ses membres afin d'aborder toute question de portée générale intéressant son domaine de compétence dont il est saisi ou dont il se saisit en application du 1° de l'article L. 531-3. A l'issue de cette séance plénière, il rend ses conclusions à l'autorité administrative.