L'Office national de l'eau et des milieux aquatiques met en place, en tant que de besoin, des délégations régionales ou interrégionales et des services départementaux ou interdépartementaux, ainsi que des pôles d'études et de recherches.
Le délégué régional ou interrégional a autorité sur les agents de la délégation et sur les chefs des services départementaux ou interdépartementaux situés dans le ressort de la délégation.
La coopération de l'office et de ses échelons territoriaux avec les directions régionales de l'environnement, les services chargés de la police de l'eau et les agences de l'eau pour la réalisation des missions incombant à l'établissement public fait l'objet de conventions passées entre l'office, les préfets intéressés et les agences de l'eau, conformes à une convention type fixée par arrêté du ministre chargé de l'environnement.