Si le budget n'est pas adopté par le conseil d'administration avant le 1er janvier de l'exercice auquel il s'applique, le représentant de l'Etat saisit sans délai la chambre régionale des comptes qui, dans un délai de trente jours, formule des propositions permettant d'arrêter le budget. Le président du conseil d'administration peut, à sa demande, présenter oralement ses observations à la chambre régionale des comptes. Il est assisté par le directeur de l'établissement. Le représentant de l'Etat arrête le budget et le rend exécutoire. Si le représentant de l'Etat s'écarte des propositions de la chambre régionale des comptes, il assortit sa décision d'une motivation explicite.

En cas de carence de l'ordonnateur, le représentant de l'Etat peut, après mise en demeure et à défaut d'exécution dans le délai de trente jours, procéder au mandatement d'office d'une dépense ou au recouvrement d'une recette régulièrement inscrite au budget initial et aux décisions modificatives éventuelles.