Ce fonds reçoit une quote-part des impôts, droits et taxes perçus au profit du budget général de la collectivité général de Mayotte, à l'exception des centimes additionnels à l'impôt sur le revenu des personnes physiques prévus au premier alinéa de l'article 40 de la loi n° 2001-616 du 11 juillet 2001 relative à Mayotte.

Cette quote-part, qui ne peut être inférieure à 20 % desdites ressources, est fixée par décret, après consultation du conseil général de Mayotte, en tenant compte des charges respectives de la collectivité départementale de Mayotte et des communes. Lorsque le compte administratif de la collectivité départementale de Mayotte fait apparaître que le produit des impôts, droits et taxes effectivement perçus est inférieur ou supérieur au produit prévu au budget primitif, le montant de la différence est inscrit respectivement en déduction ou en augmentation de l'assiette du fonds intercommunal de péréquation de l'année suivant celle de l'adoption du compte administratif.