Le BEAmer comprend un secrétariat général et, en tant que de besoin, une ou des divisions d'études et d'investigation, créées par décision du directeur du BEAmer en fonction des caractéristiques propres aux événements de mer. Le BEAmer dispose d'un médecin.

Le directeur du BEAmer est assisté d'un directeur adjoint, qui le supplée en cas d'absence ou d'empêchement. Le secrétaire général assiste le directeur pour l'organisation de l'ensemble des missions du BEAmer et assure la gestion administrative et financière de celui-ci.

Les services de l'Etat, notamment les services déconcentrés des affaires maritimes et de l'équipement, les services des affaires maritimes dans les territoires d'outre-mer, les centres de sécurité des navires, les centres régionaux opérationnels de surveillance et de sauvetage, les capitaineries de port, ainsi que les services de l'inspection du travail maritime, apportent leur concours au BEAmer pour le recueil et la transmission de toute information relative aux événements de mer, ainsi que pour la réalisation des enquêtes techniques et études qu'il effectue.

Le présent arrêté sera publié au Journal officiel de la République française.