Le secrétariat général est chargé du fonctionnement et de la mise en œuvre des décisions relatives à l'organisation générale de la direction, en liaison avec le secrétariat général des ministères économiques et financiers. Il est responsable de la gestion des emplois et des crédits mis à la disposition de la direction. Il assure la qualité, la maîtrise des risques et la modernisation des procédures internes. Il assure le pilotage et l'animation de la gestion des ressources humaines des sous-directions et du secrétariat général, ainsi que des départements de contrôle budgétaire placés auprès des ministères. Il contribue à définir et met en œuvre les politiques de la direction en matière de communication, d'outils informatiques et numériques, de documentation et d'archivage. Il assure la coordination des affaires juridiques et des procédures relatives aux dossiers formalisés produits par la direction.