Les délibérations du conseil d'administration sont exécutoires quinze jours après la réception du procès-verbal par le ministre chargé de l'agriculture, à moins que celui-ci n'y fasse opposition. En cas d'urgence, le ministre peut autoriser l'exécution immédiate.

Toutefois, les délibérations portant sur le budget et le compte financier sont exécutoires dans les conditions prévues par le titre III du décret n° 2012-1246 du 7 novembre 2012 relatif à la gestion budgétaire et comptable publique. Les délibérations portant sur les acquisitions, échanges et aliénations d'immeubles sont exécutoires dans les mêmes conditions.