Un premier stage a pour objet la découverte de l'environnement pénitentiaire et notamment des différentes fonctions exercées dans les services de l'administration pénitentiaire.

Un deuxième stage est un stage de mise en situation professionnelle qui vise à développer et à évaluer les aptitudes professionnelles du futur directeur des services pénitentiaires.

Un troisième stage se déroule au sein d'une juridiction, de l'administration préfectorale, d'une structure hospitalière, d'une association ou d'une entreprise.

Un quatrième stage se déroule dans une institution européenne en lien avec l'univers pénitentiaire.

Un cinquième stage, préparant à la gestion de crises, se déroule dans un établissement pénitentiaire.

Un sixième stage, à titre de perfectionnement, se déroule dans un établissement dont les caractéristiques sont proches de celui où l'élève a vocation à être préaffecté.

Les quatre premiers stages se déroulent durant la première année. Les deux autres stages se déroulent lors de la seconde année.

Les notes ou évaluations littérales des stages sont portées à la connaissance des élèves directeurs et des directeurs stagiaires des services pénitentiaires.

D'autres stages peuvent être décidés par le directeur de l'Ecole nationale d'administration pénitentiaire dans la mesure où ils contribuent à un objectif de professionnalisation.