Le directeur général est nommé par décret sur proposition conjointe des ministres de tutelle. Ses fonctions sont d'une durée de quatre ans. Il ne peut exercer plus de deux mandats consécutifs.
Le directeur général :
1° Assure la direction de l'institut et en fixe l'organisation ;
2° Assure le fonctionnement des services de l'institut ; il a autorité sur l'ensemble des personnels ; il définit leurs attributions ;
3° Nomme à toutes les fonctions pour lesquelles aucune autre autorité n'a reçu pouvoir de nomination ;
4° Nomme un directeur scientifique qui l'assiste ;
5° Représente l'institut en justice et dans tous les actes de la vie civile ;
6° Prépare les délibérations du conseil d'administration et en assure l'exécution ;
7° Est ordonnateur principal des dépenses et des recettes. Il peut désigner des ordonnateurs secondaires qui peuvent déléguer leur signature ;
8° Recueille périodiquement l'avis des diverses catégories de bénéficiaires au sujet de l'établissement des programmes de recherches à entreprendre et des modalités de valorisation de la recherche.
Le directeur général peut déléguer sa signature. Il peut déléguer une partie de ses pouvoirs au directeur scientifique et à d'autres agents désignés pour exercer des fonctions de responsabilité administrative ou scientifique dans l'établissement ou dans une unité, un groupement ou un service commun avec d'autres organismes. Ces agents peuvent déléguer leur signature.