Le conseil de la formation et le conseil intérieur sont placés sous la présidence du directeur de l'institut. Leur composition est fixée par arrêté du ministre chargé de l'agriculture sur proposition du conseil d'administration.

Le conseil de la formation propose au conseil d'administration les objectifs de formation et valide les résultats obtenus par les stagiaires.

Le conseil intérieur peut être consulté par le directeur, notamment sur le fonctionnement de l'institut, sur ses projets d'aménagement et sur les questions relatives à la gestion des personnels.