Le budget des établissements comprend une section de fonctionnement et une section d'investissement.

Les recettes à percevoir au titre des droits versés pour les enfants autres que ceux des membres militaires et civils des forces françaises et de l'élément civil stationnés en Allemagne, accueillis dans ces établissements, sont enregistrées dans la comptabilité et imputées sur le budget de chacun de ces établissements, arrêté par le chef du service de l'enseignement des forces françaises et de l'élément civil stationnés en Allemagne.