Les étudiants admis dans le cycle préparatoire prévu à l'article 2 suivent les enseignements dispensés dans le cadre de la classe préparatoire biologie-chimie-physique-sciences de la Terre (BCPST) au sein du lycée Michel Montaigne à Bordeaux. La formation dure deux ans. Les modalités de scolarité et le programme de formation qui inclut des séquences spécifiques avec en particulier une sensibilisation aux grands enjeux de l'agronomie et un accompagnement à la maturation d'un projet professionnel, sont définis dans une convention entre le lycée Michel Montaigne Bordeaux et l'Ecole nationale supérieure des sciences agronomiques de Bordeaux-Aquitaine (Bordeaux Sciences Agro) ainsi que dans le règlement des études, qui est soumis à l'approbation des conseils d'administration des deux établissements.