Les sections sont animées par un bureau élu pour une durée de quatre ans renouvelable une fois. Le bureau d'une section est composé d'un président, d'un ou plusieurs vice-présidents et secrétaires et d'au moins un représentant dans chacune des commissions du CTHS. Ils sont choisis parmi les membres titulaires à l'exception des représentants des commissions qui peuvent l'être parmi les émérites.