L'agence comprend six directions en charge :

- de l'architecture et de la sécurité du système d'information et des données des forces de sécurité intérieure ;
- des fichiers opérationnels ;
- des systèmes d'information de l'activité et de la donnée ;
- des communications tactiques et de la maîtrise de l'environnement électromagnétique ;
- de la proximité numérique et des projets innovants ;
- du support et du soutien de l'agence.

En outre, l'agence est composée de pôles qui développent :

- une fonction de pilotage et de suivi de l'activité ;
- une fonction d'appui des chefs de projet dans le domaine juridique, méthodologique, de la sécurité numérique et de l'assurance qualité ;
- des capacités de stratégie technique, de recherche, de prospective et de partenariats.