Le secrétariat du conseil est identifié distinctement des autres services de la direction générale du travail. Il est placé sous l'autorité fonctionnelle du président.
Il est chargé de l'enregistrement des saisines et de leur suivi, des convocations et comptes rendus des travaux du conseil, de la notification des avis et de la préparation du rapport annuel.
Il assiste matériellement les membres du conseil dans l'exercice de leur mandat et dans la réalisation des tâches qui leur sont confiées à ce titre.