L'indemnité pour mission exclusive n'est pas cumulable avec :

- l'indemnité pour connaissances spéciales en langues étrangères prévue par le décret n° 85-833 du 2 août 1985 relatif à une indemnité pour connaissances spéciales en langues étrangères ;
- les indemnités de déminage et de dépiégeage prévues par les décrets n° 88-490 du 2 mai 1988 relatif au régime indemnitaire des artificiers militaires, des fonctionnaires civils et des ouvriers du ministère de la défense employés à des travaux de déminage et de dépiégeage et n° 94-1022 du 28 novembre 1994 portant attribution d'une indemnité représentative de l'activité du déminage au personnel démineur du ministère de l'intérieur et de l'aménagement du territoire ;
- l'indemnité pour services aériens prévue par le décret n° 48-1686 portant constitution de l'indemnité pour services aériens.