Le Haut Conseil de la santé publique comprend, outre le collège mentionné à l'article R. 1411-46 du code de la santé publique, cinq commissions spécialisées :

- la commission spécialisée « maladies infectieuses et maladies émergentes » ;
- la commission spécialisée « déterminants de santé et maladies non-transmissibles » ;
- la commission spécialisée « risques liés à l'environnement » ;
- la commission spécialisée « système de santé et sécurité des patients » ;
- la commission spécialisée « santé des enfants et des jeunes / approche populationnelle ».