En cas de découverte de la flavescence dorée en pépinière viticole ou vigne-mère, à la suite de l'obtention d'un résultat positif d'analyse officielle, une enquête réalisée par les services régionaux de l'alimentation et par FranceAgriMer visant à déterminer l'origine probable de la contamination est mise en œuvre. Cette enquête porte sur le matériel d'origine et sur l'environnement de la pépinière.