Le montant forfaitaire brut par jour de l'indemnité compensatrice est fixé par arrêté conjoint des ministres chargés de la santé, de la fonction publique et du budget.
L'indemnité est proportionnelle au nombre de jours de congés ou de repos au titre de la réduction du temps de travail que l'agent aura décidé de transformer en indemnité compensatrice.