L'agent public peut bénéficier de la protection fonctionnelle, à la fois en qualité de victime mais également de mis en cause dans le cadre d'un signalement de bonne foi, contre les menaces, injures, diffamations, outrages ou mises en cause juridictionnelles dont il pourrait faire l'objet à raison de son lancement d'alerte, au regard des dispositions des articles 11 de la loi du 13 juillet 1983 susvisée pour les personnels civils et de l'article L. 4123-10 du code de la défense pour les personnels militaires.
L'auteur du signalement bénéficie également d'une protection du fait du lancement d'une alerte :

- contre les mesures discriminatoires directes ou indirectes ;
- contre les mesures individuelles défavorables ;
- contre les sanctions ou mesures entraînant la perte d'emploi.