Le Commandement spécialisé pour la sécurité nucléaire est dirigé par un directeur nommé par arrêté conjoint du ministre chargé de l'énergie et du ministre de l'intérieur.
Le directeur peut déléguer sa signature à ses collaborateurs pour signer tous actes, décisions ou conventions, dans la limite de leurs attributions.
Il a autorité sur l'ensemble des personnels affectés dans le service.