Outre le cas prévu à l'article 12, l'agrément peut être retiré en cas de manquements graves ayant un impact sur l'action des services de l'Etat chargés des contrôles officiels ou en cas de perte de l'accréditation. Après que le responsable du laboratoire a été mis en mesure de produire ses observations, la décision de retrait d'agrément pour tout ou partie d'analyses (notamment en cas de méthodes multiples) est notifiée par le ministre chargé de l'agriculture.
En cas de cessation ou de modification d'activités, l'agrément peut être retiré sur simple demande du titulaire de l'agrément.