Le service du haut fonctionnaire de défense et de sécurité des ministères économiques et financiers, tel que mentionné à l'article R. 1143-2 du code de la défense, comprend :

- un échelon de direction ;
- un département « planification et gestion de crise » ;
- un département « sécurité des systèmes d'information » ;
- un département « sécurité économique » ;
- un département « protection du secret et administration générale ».