La sous-direction des missions comprend cinq bureaux :

- le bureau de gestion de la détention ;
- le bureau des politiques sociales, d'insertion et d'accès aux droits ;
- le bureau du renseignement pénitentiaire ;
- le bureau de l'action juridique et du droit pénitentiaire ;
- le bureau des alternatives à l'incarcération et des aménagements de peine ;