Chaque expérimentation locale fait l'objet d'une évaluation semestrielle. Dans le cas où l'expérimentation n'est pas conduite en année pleine lors de sa mise en œuvre, l'évaluation intervient à mi-parcours et en fin d'année civile.
Le rapport d'évaluation est transmis aux ministres chargés de la santé et de la sécurité sociale. Il comprend des indicateurs de suivi fixés par arrêté de ces mêmes ministres permettant de mesurer l'efficience de l'organisation et de suivre l'évolution des dépenses sur le territoire d'expérimentation.