Les comptes financiers des universités Bordeaux-I, Bordeaux-II et Bordeaux-IV relatifs à l'exercice 2013 sont respectivement établis par les agents comptables en fonctions lors de la suppression de chaque université. Ils sont approuvés par le conseil d'administration de l'Université de Bordeaux.
L'assemblée constitutive provisoire adopte, pour l'année 2014, le budget de l'Université de Bordeaux préparé par l'administrateur provisoire.