Les comptes financiers des universités Aix-Marseille-I, Aix-Marseille-II et Aix-Marseille-III relatifs à l'exercice 2011 sont respectivement établis par les agents comptables en fonction lors de la suppression de chaque université. Ils sont approuvés par le conseil d'administration de l'université d'Aix-Marseille.
L'assemblée constitutive provisoire adopte, pour l'année 2012, le budget de l'université d'Aix-Marseille préparé par le recteur de l'académie d'Aix-Marseille, chancelier des universités.