L'administration centrale du ministère chargé de l'agriculture, de l'alimentation et de la pêche comprend, outre le Conseil général de l'agriculture, de l'alimentation et des espaces ruraux, le haut fonctionnaire de défense et de sécurité et le bureau du cabinet qui sont directement rattachés au ministre :
a) Le secrétariat général ;
b) La direction générale des politiques agricole, agroalimentaire et des territoires ;
c) La direction générale de l'alimentation ;
d) La direction générale de l'enseignement et de la recherche ;
e) La direction des pêches maritimes et de l'aquaculture.