Le schéma d'organisation du programme 107 du budget général « administration pénitentiaire » pour l'année 2008 est structuré en unités opérationnelles, responsables de l'exécution budgétaire des recettes et des dépenses, sous l'autorité des directeurs interrégionaux des services pénitentiaires, des hauts-commissaires de la République pour la Nouvelle-Calédonie et la Polynésie française, du préfet, représentant du Gouvernement, de la collectivité départementale de Mayotte, du préfet, représentant du Gouvernement, dans la collectivité territoriale d'outre-mer de Saint-Pierre-et-Miquelon et des préfets de région d'outre-mer.
La liste des établissements et services rattachés à chaque unité opérationnelle figure en annexe.