Le conseil intérieur prévu à l'article 11 du décret du 16 avril 1999 susvisé comprend :
- le directeur de l'établissement, président ;
- cinq membres élus des personnels de l'établissement avec une représentation proportionnelle de chaque catégorie, selon des conditions précisées par une circulaire du directeur général de l'enseignement et de la recherche ;
- un représentant de l'association des usagers de l'établissement ;
- une personnalité qualifiée désignée en son sein par le conseil scientifique et pédagogique, mentionnée à l'article 7 ;
- le directeur adjoint, le gestionnaire et les chefs de centres ou de départements participent à titre consultatif aux séances lorsqu'ils ne sont pas eux-mêmes élus à un autre titre ;
- le président, de sa propre initiative ou à la demande d'un membre du conseil intérieur, peut inviter aux séances, à titre consultatif, toute personne dont la présence lui paraîtrait utile en fonction de l'ordre du jour.