La nomenclature des dépenses comprend quatre catégories, réparties par nature :
- les dépenses de personnel, au sein desquelles sont distinguées les dépenses de personnel limitatives, financées en totalité ou en partie sur subvention pour charges de service public, et les dépenses de personnel non limitatives intégralement financées sur les autres catégories de recettes ;
- les dépenses de fonctionnement ;
- les investissements non programmés ;
- les opérations d'investissement programmé et autres opérations en capital.
Les destinations de dépenses pouvant comporter des autorisations d'engagement au titre des opérations d'investissement programmé et autres opérations en capital sont :
- pour le premier agrégat : les groupements régionaux d'unités de recherche ;
- pour le deuxième agrégat : les grands équipements scientifiques ;
- pour le troisième agrégat :
- les moyens informatiques communs ;
- les acquisitions immobilières ;
- les constructions et gros travaux immobiliers ;
- les opérations financières.