La sous-direction des affaires financières est chargée :
- d'élaborer la programmation des ressources financières du service et leur répartition ;
- d'assurer l'exécution du budget du service et le suivi des dépenses d'autres organismes dont le ministre lui confie la gestion, et notamment :
- des organismes interarmées ;
- des participations du ministère aux organismes militaires internationaux ;
- des crédits consacrés à l'assistance aux armées étrangères séjournant sur le territoire national ;
- d'élaborer et de notifier les marchés publics ;
- de définir et de tenir à jour les indicateurs permettant de rendre compte de la réalisation des objectifs assignés au service et de développer les outils d'analyse permettant d'élaborer une comptabilité analytique ;
- d'assurer, au profit du service, le rôle de correspondant unique des autorités de contrôle.
Le sous-directeur des affaires financières dispose de la régie d'avances et de recettes.