La retenue est calculée sur la base du traitement brut que l'intéressé aurait perçu s'il n'avait bénéficié du congé.
Cette retenue fait l'objet de précomptes mensuels calculés à raison de 5 % du traitement budgétaire net ordonnancé au profit de l'agent, sauf le dernier précompte à effectuer pour solde. Le premier précompte est opéré sur le traitement du premier mois complet suivant la reprise d'activité.
Lorsque l'agent est radié des cadres avant le règlement de sa dette, ou à l'issue de son congé sans qu'il reprenne son activité, la somme restant due est précomptée sur les arrérages de sa pension dans la limite d'un cinquième de leur montant.
A tout moment, le bénéficiaire du congé peut se libérer de cette dette par anticipation.