Le commandement de la gendarmerie des transports aériens est exercé par un officier général ou supérieur de gendarmerie qui relève du directeur général de la gendarmerie nationale, ainsi que du directeur général de l'aviation civile pour ce qui concerne l'emploi de la gendarmerie des transports aériens dans les domaines de sa spécialisation autres que ceux relatifs à la police judiciaire.
Dans l'exercice de ses fonctions, le personnel de la gendarmerie des transports aériens reste placé sous l'autorité des chefs hiérarchiques de la gendarmerie des transports aériens.