Le centre historique des archives est organisé en départements :
- le département interarmées, ministériel et interministériel ;
- le département de l'armée de terre ;
- le département de la marine ;
- le département de l'armée de l'air ;
- le département de la gendarmerie nationale ;
- le département de l'innovation technologique et des entrées par voie extraordinaire ;
- le département des publics et de la valorisation.